Le CHU Analankininina dispose d'une capacité d’accueil de 417 lits et fonctionne grâce à un personnel de 296 agents, dont 57 médecins, 155 paramédicaux et 84 personnels administratifs.

Le CHU Analankininina faisait aussi partie des structures médicales ayant pris en charge les patients atteints de la COVID-19, en particulier ceux présentant des formes graves nécessitant une oxygénothérapie.

Le CHU possède une histoire propre qui contribue à sa renommée dans la région Est, en plus de la diversité des services de santé qu’il propose. L’un de ses traits distinctifs est l’existence d’un service spécialisé dans la prise en charge des femmes souffrant de fistules obstétricales. Il dispose également d’un service de rééducation, qui applique une méthode innovante appelée méthode Ponseti pour le traitement du pied bot chez les enfants.

L’hôpital pratique également le recyclage des déchets pour la protection de l’environnement.

De nombreuses activités de santé communautaire sont organisées par le CHU dans la région Est, en collaboration avec différents partenaires, comme Opération Smile, Mercy Ships, CBM Global qui propose des chirurgies réparatrices, des opérations de la cataracte, des reconstructions auriculaires, le tout gratuitement au profit des populations locales.

L'hôpital est également rattaché à la Faculté de Médecine et assure des missions d'enseignement, de recherche et d’expertise.

Le nouveau bloc opératoire ophtalmologique pédiatrique du CHUAT a été inauguré le 10 mai 2023. Puis, en février 2024, le service d'ophtalmologie pédiatrique a reçu les équipements nécessaires pour les consultations et les chirurgies, rendant le service pleinement opérationnel et capable de fournir des soins de haute qualité conformes aux normes. Plus besoin d'évacuation vers Antananarivo, car les opérations classiques de l’œil peuvent désormais être réalisées sur place.